Los polirribosomas están también diseminados por todo el citoplasma. Cuando las cisternas y los polirribosomas se tiñen con colorantes básicos, se manifiestan como acúmulos de material basófilo que se ha denominado de manera general cuerpos de Nissl, que son visibles con el microscopio de luz. Hay también RER en la región dendrítica de la neurona, pero sólo en forma de cisternas cortas o ramificadas diseminadas. No hay retículo endoplásmico rugoso en el cono de axón, región del cuerpo celular en el que sale este último; sin embargo, en el axón hay cierta cantidad de retículo endoplásmico liso (REL).

Aunque los cuerpos de Nissl de cada tipo de neurona tienen tamaño, configuración y forma características, no se ha observado ningún patrón específico. En general, las neuronas pequeñas manifiestan cuerpos de Nissl granulosos pequeños, pero no todas las neuronas de gran tamaño manifiestan cuerpos de Nissl más grandes. Se sugiere que esas diferencias pueden relacionarse con las condiciones fisiológicas y patológicas cambiantes dentro de la neurona.

La mayor parte de las neuronas tienen retículo endoplásmico liso (REL) por todo el cuerpo celular; éste se extiende hasta las dendritas y el axón, y forma las cisternas hipolémicas que están directamente por debajo del plasmalema. Estas cisternas se continúan con el RER en el cuerpo celular, y se entretejen entre los cuerpos de Nissl en su camino hacia las dendritas y el axón. Aunque no está claro aún de qué manera funcionan, se sabe que las cisternas hipolémicas secuestran calcio y contienen proteínas. Estas cisternas pueden funcionar como conductos para la distribución de proteínas por toda la célula. Se ha propuesto la teoría de que el transporte ocurre por vesículas sinápticas que se evaginan desde estas cisternas, pero no han podido aclararse aún las cosas.

Se encuentra un complejo de Golgi yuxtanuclear prominente, compuesto de varias cisternas estrechamente relacionadas entre sí que manifiestan periferia dilatada, lo que es característico de las células secretoras de proteínas. Se cree, además, que el complejo de Golgi es un encargado de la producción de sustancias neurotransmisoras o de las enzimas esenciales para la transmisión del axón.

Se encuentran numerosas mitocondrias diseminadas por todo el citoplasma del soma, las dendritas y el axón, pero son más abundantes a nivel de las terminaciones axonianas. En general, las mitocondrias de las neuronas son más delgadas que las otras células y, en ocasiones, sus crestas están orientadas en sentido longitudinal más que transversal. Se ha demostrado que las mitocondrias neuronales están moviéndose constantemente a lo largo de los microtúbulos del citoplasma.

La mayor parte de las neuronas del adulto manifiestan sólo un centríolo relacionado con un cuerpo basal de un cilio; posee la distribución 9+0 de los microtúbulos (véase pag. 042 del cap. 2 relacionado con las estructuras de los microtúbulos). Se cree que el centríolo es una estructura vestigial en las neuronas.

Inclusiones. Se encuentran gránulos de melanina de color pardo oscuro a negro en las neuronas de ciertas regiones del SNC (p.ej., sustancia negra, locus ceruleus, núcleo motor dorsal del vago y médula espinal), y en los ganglios simpáticos del sistema nervioso periférico. No se ha podido dilucidar la función de estos gránulos en estas diversas localizaciones.

La lipofuscina, gránulo de pigmento de forma irregular, es más preponderante en el citoplasma neuronal de las personas ancianas, y se considera que está constituida por residuos de la actividad enzimática lisosómica. Estos gránulos aumentan con el paso de la edad y pueden incluso desplazar, al agregarse, a los organitos y al núcleo hacia un lado de la célula, con lo que posiblemente afectan a la función celular. Se pueden observar también pigmentos que contienen hierro en ciertas neuronas del SNC, y pueden acumularse con el paso de la edad.