La distribución microtubular de 9 + 2 dentro del axonema prosigue a lo largo de la mayor parte del cilio, salvo a nivel de su base, sitio en el que está unido con el cuerpo basal (fig. 5-9e). La morfología del cuerpo basal es semejante a la de un centríolo, puesto que está compuesto de nueve tripletes y no tiene singlete alguno.

Los cuerpos basales se desarrollan a partir de organizadores procentríolo. Conforme se añaden dímeros de tubulina el procentríolo se alarga para formar los microtúbulos de nueve tripletes característicos del cuerpo basal. Después de su formación, el cuerpo basal emigra hacia el plasmalema apical y origina un cilio.